Die über Seewege verfügen Those with Shipping Routes

In naher Zukunft wurde die Menschheit von den gesamten Meeren vertrieben und sie wurden mit dem Aufkommen der "Flotte des Nebels" auf den Landmassen isoliert. Was bedeutet das jedes Land auf dem Kontinent wo es liegt gefangen ist. Dazu kommt noch das die Flotte des Nebels ebenfalls jegliche Kommunikation zwischen den Kontinenten unmöglich gemacht hat. So ist es den Menschen unmöglich sich zusammen zu schließen. Sie wissen nicht einmal ob die jeweils anderen Länder überhaupt noch existieren, oder ob sie vielleicht schon ausgelöscht wurden. Einige Jahre nach diesen verheerenden Ereignissen, ist die japanische Regierung im Begriff, ein unbemanntes Fracht-Shuttle in die Umlaufbahn zu bringen, als ein Schiff der Flotte von Nebel Nagara erscheint. Den Japanern gelingt es das Schiff in ein trocken Dock zu schaffen. Doch sie erfahren nichts über das Schiff. Als Gunzou Chihaya aber das Schiff I-401 berührt, wird es "lebendig" und erklärt Gunzou das ihr Name Iona ist das sie sich nur noch an eine Anweisung erinnern kann die lautet, sie solle sich ihm anschließen und folgen. Jetzt wo Gunzou ein eigenes U-Boot besitzt macht er sich am weg aufs offene Meer stellt eine Crew zusammen um in den Kampf zwischen Menschen und der mysteriöse Flotte einzutreten.